Il etait une fois, un pêcheur qui etait au service de l'evêque de Strängnäs dans le château de Tynnelsö. Lors d'une journee particulièrement belle, le pêcheur attrapa un saumon enorme, qu'il voulait garder pour lui seul. Il decida donc de s'enfuir vers les îles de Lake Mälaren et il arriva sur une île situee sur le bord du grand lac ; c'est ainsi qu'il devint le premier habitant de Stockholm.
Cette histoire populaire du pêcheur de saumon est une des nombreuses legendes relatant la fondation de Stockholm. Quant au nom Stockholm, il existe une autre histoire connue qui raconte ce qui suit : quant la ville de Sigtuna fut detruite par les estoniens, les habitants cachèrent leurs objets de grande valeur dans une souche d'arbre vide et la jetèrent dans le Lake Mälaren. La souche (qui se dit stock en suedois) vint s'echouer sur l'île (holm) en question et les habitants sans-abri de Sigtuna pensèrent que c'etait l'endroit ideal pour s'installer.
Des fouilles archeologiques montrent que Stockholm n'existait pas avant le XIIIº siècle. Selon Erikskrönikan, la plus vieille description de la Suède medievale, c'est le regent Birger Jarl qui fonda Stockholm. La ville connut une expansion rapide et un document de 1289 decrit dejà la Stockholm comme l'une des villes les plus peuplees de Suède. À partir du milieu du XVº siècle, elle compte plus de 1000 foyers et une population totale de 5000 à 6000 habitants, ce qui en fait donc une ville bien plus grande que n'importe quelle autre ville suedoise. À cette epoque et longtemps après, la population etait constituee de trois groupes ethniques dominants : les Suedois, la majorite, les Allemands, dont beaucoup etaient d'eminents marchands et les Finlandais qui travaillaient principalement comme servants et simples artisans. La condition la plus importante à l'expansion precoce de la ville est peut-être le fait que Stockholm jouissait d'un excellent emplacement à l'embouchure du lac Mälaren. L'elevation des terres faisait des eaux de Stockholm le seul passage pour les bateaux en direction de la mer Baltique.
La bataille de Brunkeberg est devenue l'un des evènements les plus importants de l'histoire politique suedoise. Elle mit fin une bonne fois pour toutes au pouvoir des rois de l'union sur la Suède et les groupes d'employeurs suedois qui avaient ete rallies au Danemark finirent par se rendre. Le 10 octobre 1470 le Suedois Sten Sture s'affronta au roi danois Christian. Le Danois avait assiege Brunkeberg, qui n'avait pas encore ete peuple, ainsi que le marecage occupe aujourd'hui par Kungsträdgården, Norrmalmstorg et Birger Jarlsgatan. Les Danois furent attaques sur deux fronts et essayèrent de se replier sur Blaiseholmen. Cependant, des Stockholmiens arrives en bateaux attaquèrent le pont et reussirent à le mettre en pièces pendant que les Danois le traversaient. De nombreux soldats tombèrent à l'eau et d'autres se noyèrent. La victoire de Sten Sture fut grande et glorieuse. Le roi Christian fut blesse dans la bataille (il perdit des dents à cause d'une balle dans la bouche) et ne revint jamais sur la côte est suedoise. Sten Sture fit eriger un monument en honneur de sa victoire : c'est la magnifique sculpture Sankt Göran och Draken (Saint Georges et le Dragon), qui peut être admiree à Storkyrkan. Plus qu'un monument c'etait un symbole de gratitude envers le soutien et l'aide du saint pendant la bataille.
Stockholm gagna une force et une independance telles durant la dernière moitie du Moyen Age, que la ville devint une force nationale au niveau politique. Elle agit entre les rois de l'union danoise et le mouvement national mene par la famille Sture. Le deroulement dramatique des evènements culmina en 1520 lors d'une execution massive de la principale opposition suedoise. Le massacre restera dans les memoires comme "le bain de sang de Stockholm". La majorite des citoyens et la noblesse du royaume avait ete invitee au couronnement du roi danois Christian II, surnomme Christian le Tyran. Après trois jours de fête intense, l'archevêque Gustave Trolle accusa la noblesse d'heresie et un tribunal provisoire les declara tous coupables. Les executions commencèrent le lendemain même. Entre les journees noires du 8 et 9 novembre, environ 100 furent decapitees à Stortorget.
Le massacre fut à l'origine d'une serie d'evènements qui debouchèrent sur l'entree de Gustave Vasa (avec une barbe vite poussee) dans la ville en 1523 ; il s'autoproclame premier roi de Suède et fondateur de la dynastie.
Le 7 mai 1697, le château de Tre Kronor (trois couronnes), qui faisait la fierte de Stockholm, brûle. Miraculeusement, personne ne perit dans les flammes. Le feu se declara en plein jour dans le grenier situe au dessus du salon, dans la partie medievale du grand bâtiment : le vieux château etait forme de maison d'epoques differentes. Quand le feu fut finalement decouvert, il s'etait repandu tellement vite que toute la toiture etait en flammes. La vieille tour Tre Kronor etait egalement en feu et huit canons et une cloche d'eglise qui etaient gardes à l'etage tombèrent dans un bruit etourdissant dans la cave à vins de la reine, entraînant l'effondrement de la tour toute entière. Le feu continua toute la journee et la nuit suivante et detruisit tout sauf l'aile nord. Le nouveau château (Slottet) est situe exactement sur l'emplacement de Tre Kronor, en face de l'Opera.
Les institutions politiques telles que riksdagen (le parlement suedois), l'administration centrale et la cour d'appel de Svea ne furent transferees à Stockholm qu'au XVIIº siècle.
Plusieurs mauvaises recoltes à la fin du XVIIº siècle et une epidemie en 1710-11, ainsi que les guerres nordiques appauvrirent le pays. Cependant, grâce à une industrialisation grandissant, Stockholm reussit à retrouver la place de communaute industrielle eminente du royaume à la fin du siècle.
Le roi Gustave III adorait la France et c'est grâce à lui que la langue, l'art, la musique et la culture en suedoise en general se developpa, inspire par l'amour du royaume pour la baguette. Le vendredi 16 mars 1792, le roi s'en fut à une mascarade à l'opera. Il avait ete prevenu qu'un complot d'assassinat se tramait contre lui, mais malheureusement le roi ne tint pas compte des mises en garde. Il mit son masque et s'en fut à la fête où un groupe d'hommes masques l'entoura et le salua par ces mots "Bonjour, beau masque". L'instant d'après, on tirait sur le roi à bout portant. Mais il ne tomba pas, il prononça seulement ces mots "Je suis blesse". Les assassins crièrent "Feu !", mais personne ne s'affola et ils furent tous captures et arrêtes. Gustave III ne mourut pas cette nuit-là à l'opera, mais sa blessure s'infecta et il deceda de nombreux jours plus tard. Le capitaine Anckarström, l'un des conspirateurs, qui avait porte le coup fatal, assuma la pleine responsabilite du crime et fut dûment execute. L'evènement est reste dans l'histoire comme le Meurtre de la Mascarade.
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